La Iglesia de Dios en Uruguay está dirigida por autoridades nacionales que velan por la conducción espiritual, doctrinal y administrativa de la obra. Su labor consiste en fortalecer a las iglesias locales, acompañar a los ministros, promover la unidad del cuerpo de Cristo y coordinar el desarrollo de la misión de la denominación en todo el país, conforme a los principios establecidos por la Iglesia de Dios.